Carga Viral

                  ALTA      BAIXA     MÉDIA     NI       
[1,] "Total"      "59"      "45"      "31"      "69"     
[2,] "Percentual" "28.922%" "22.059%" "15.196%" "33.824%"
[1] 0.01283531

p-valor significativo indicando diferença significativa entre as frequências de carga viral alta, média e baixa.

Classificação

                  ASSINTOMÁTICO OUTRO     SIM-P    SINT DIGESTIVO SINT RESP SRAG     
[1,] "Total"      "1"           "26"      "11"     "20"           "39"      "107"    
[2,] "Percentual" "0.49%"       "12.745%" "5.392%" "9.804%"       "19.118%" "52.451%"

Sexo

                  Feminino  Masculino
[1,] "Total"      "78"      "126"    
[2,] "Percentual" "38.235%" "61.765%"
[1] 0.0007775304

p-valor significativo indicando diferença significativa entre as frequências de meninas e meninos com COVID-!9.

Idade

# A tibble: 2 × 8
  Sexo      Mínimo `1o.quantil` Mediana `3o.quantil` Máximo Media Desvio.Padrão
  <chr>      <dbl>        <dbl>   <dbl>        <dbl>  <dbl> <dbl>         <dbl>
1 Feminino  0.0137        1.27     5.19         12.1   17.7  6.61          5.70
2 Masculino 0.0137        0.775    5.42         12.3   17.4  6.45          5.88
[1] 0.8456329

Diferença média das idades por sexo não difere significativamente.

Município

# A tibble: 30 × 2
   Município                 n
   <fct>                 <int>
 1 CURITIBA                102
 2 COLOMBO                  14
 3 SÃO JOSÉ DOS PINHAIS     13
 4 FAZENDA RIO GRANDE        9
 5 ALMIRANTE TAMANDARÉ       8
 6 ARAUCÁRIA                 8
 7 PARANAGUÁ                 7
 8 PIRAQUARA                 7
 9 CAMPO LARGO               4
10 PINHAIS                   4
11 CASTRO                    3
12 CONTENDA                  3
13 LAPA                      3
14 CAMPINA GRANDE DO SUL     2
15 MATINHOS                  2
16 ANTONINA                  1
17 CAJATI(SP)                1
18 CASCAVEL                  1
19 CUIABA                    1
20 FIGUEIRA                  1
21 ICARAÍMA                  1
22 IMBITUVA                  1
23 IRATI (sc)                1
24 MANDIRITUBA               1
25 PAPANDUVA                 1
26 PONTA GROSSA              1
27 QUATRO BARRAS             1
28 RESERVA                   1
29 RIBEIRÃO DO PINHAL        1
30 SIQUEIRA CAMPOS           1

Data do internamento

      Mínimo   1o.quantil      Mediana        Média   3o.quantil       Máximo 
"2020-04-04" "2020-10-22" "2021-03-13" "2021-01-25" "2021-05-18" "2021-06-30" 
Desvio.Padrão 
     128.1144

UTI

                  Não       Sim      
[1,] "Total"      "144"     "60"     
[2,] "Percentual" "70.588%" "29.412%"

Alta

                  Alta      Óbito    Transferência
[1,] "Total"      "193"     "9"      "2"          
[2,] "Percentual" "94.608%" "4.412%" "0.98%"

Casos ativos

Alta:

      Mínimo   1o.quantil      Mediana        Média   3o.quantil       Máximo 
"2020-04-17" "2020-10-31" "2021-03-21" "2021-02-05" "2021-05-26" "2021-07-24" 
Desvio.Padrão 
     125.4159

Entrada na UTI:

      Mínimo   1o.quantil      Mediana        Média   3o.quantil       Máximo 
"2020-04-07" "2020-08-11" "2021-03-09" "2021-01-14" "2021-05-24" "2021-07-05" 
Desvio.Padrão 
     144.4922

Saída da UTI:

      Mínimo   1o.quantil      Mediana        Média   3o.quantil       Máximo 
"2020-04-17" "2020-08-20" "2021-03-23" "2021-01-22" "2021-05-28" "2021-07-14" 
Desvio.Padrão 
       144.39

Número diário de altas:

       Mínimo    1o.quantil       Mediana         Média    3o.quantil        Máximo Desvio.Padrão 
    1.0000000     1.0000000     1.0000000     1.4676259     2.0000000     5.0000000     0.7829909

Número diário de internações ativas:

       Mínimo    1o.quantil       Mediana         Média    3o.quantil        Máximo Desvio.Padrão 
       0.0000        2.0000        3.0000        4.9413        8.0000       19.0000        4.3739

Número diário de UTI’s ativas:

       Mínimo    1o.quantil       Mediana         Média    3o.quantil        Máximo Desvio.Padrão 
     0.000000      0.000000      1.000000      1.049569      2.000000      6.000000      1.122959

Óbito

                  Não       Sim     
[1,] "Total"      "195"     "9"     
[2,] "Percentual" "95.588%" "4.412%"

Resultado COVID

                  DETECTÁVEL DETECTÁVEL/EXTERNO POSITIVO REAGENTE
[1,] "Total"      "178"      "3"                "9"      "14"    
[2,] "Percentual" "87.255%"  "1.471%"           "4.412%" "6.863%"

Comorbidade

Presença

                  0         1        
[1,] "Total"      "96"      "108"    
[2,] "Percentual" "47.059%" "52.941%"
[1] 0.4008142

p-valor não significativo. Não existe uma diferença significativa entre a quantidade de pacientes internados com e sem comorbidades.

Comorbidades

Quantas comorbidades

                  0         1         2         3       
[1,] "Total"      "96"      "72"      "24"      "12"    
[2,] "Percentual" "47.059%" "35.294%" "11.765%" "5.882%"

Data do início dos sintomas

                  ASSINTOMÁTICO NÃO DISPONÍVEL
[1,] "Total"      "1"           "4"           
[2,] "Percentual" "20%"         "80%"         

      Mínimo   1o.quantil      Mediana        Média   3o.quantil       Máximo 
"2020-04-04" "2020-10-25" "2021-03-09" "2021-01-22" "2021-05-13" "2021-06-26" 
Desvio.Padrão 
     127.3749

Tempo do início dos sintomas

                  ASSINTOMÁTICO NÃO DISPONÍVEL
[1,] "Total"      "1"           "4"           
[2,] "Percentual" "20%"         "80%"         

# A tibble: 1 × 7
  Mínimo `1o.quantil` Mediana `3o.quantil` Máximo Media Desvio.Padrão
   <dbl>        <dbl>   <dbl>        <dbl>  <dbl> <dbl>         <dbl>
1    -10            1       3            5     24  3.41          3.73

Contato confirmado ou suspeito

                  Desconhecido Não      Sim      
[1,] "Total"      "53"         "20"     "131"    
[2,] "Percentual" "25.98%"     "9.804%" "64.216%"

Tempo de internação

       Mínimo    1o.quantil       Mediana         Média    3o.quantil        Máximo Desvio.Padrão 
     1.000000      5.000000      8.000000     10.985294     13.000000     57.000000      9.857346

Tempo de UTI

       Mínimo    1o.quantil       Mediana         Média    3o.quantil        Máximo Desvio.Padrão 
     1.000000      3.000000      7.000000      9.688525     12.000000     57.000000     10.210356

VM

Uso

                  Não       Sim      
[1,] "Total"      "171"     "33"     
[2,] "Percentual" "83.824%" "16.176%"

Tempo

       Mínimo    1o.quantil       Mediana         Média    3o.quantil        Máximo Desvio.Padrão 
     1.000000      3.000000      6.000000      9.322581     12.500000     28.000000      8.182856

Dias de O2

       Mínimo    1o.quantil       Mediana         Média    3o.quantil        Máximo Desvio.Padrão 
     1.000000      2.000000      5.000000      6.727273      9.000000     32.000000      6.155830

Sintomas

Múltiplos sintomas:

                    0       1        2        3       4        5       6       7       8     
[1,] "Total"        "3"     "34"     "46"     "53"    "44"     "14"    "4"     "4"     "2"   
[2,] "Percentual %" "1.471" "16.667" "22.549" "25.98" "21.569" "6.863" "1.961" "1.961" "0.98"
# A tibble: 1 × 7
  Mínimo `1o.quantil` Mediana `3o.quantil` Máximo Media Desvio.Padrão
   <int>        <dbl>   <int>        <dbl>  <int> <dbl>         <dbl>
1      1            2       3            4      8  2.98          1.47

Raio-X

Primeiro raio-X:

                                                 [,1]    [,2]        
                                                 "Total" "Percentual"
Normal + TQT                                     "1"     "0.49%"     
Normal                                           "85"    "41.667%"   
Infiltrado Instersticial                         "10"    "4.902%"    
Condensação/Opacidade                            "36"    "17.647%"   
Infiltrado Instersticial + Condensação/Opacidade "1"     "0.49%"     
Hiperinsuflação                                  "1"     "0.49%"     
Outro                                            "22"    "10.784%"   
Condensação/Opacidade + Outro                    "0"     "0%"        
Não realizado                                    "48"    "23.529%"

Segundo raio-X:

                                                 [,1]    [,2]        
                                                 "Total" "Percentual"
Normal + TQT                                     "1"     "0.49%"     
Normal                                           "21"    "10.294%"   
Infiltrado Instersticial                         "1"     "0.49%"     
Condensação/Opacidade                            "22"    "10.784%"   
Infiltrado Instersticial + Condensação/Opacidade "0"     "0%"        
Hiperinsuflação                                  "1"     "0.49%"     
Outro                                            "4"     "1.961%"    
Condensação/Opacidade + Outro                    "1"     "0.49%"     
Não realizado                                    "153"   "75%"       

# A tibble: 14 × 3
   `RAIOX 1`                                        `RAIOX 2`                         n
   <fct>                                            <fct>                         <int>
 1 Normal + TQT                                     Normal + TQT                      1
 2 Normal                                           Normal                           11
 3 Normal                                           Condensação/Opacidade             6
 4 Infiltrado Instersticial                         Normal                            2
 5 Infiltrado Instersticial                         Infiltrado Instersticial          1
 6 Infiltrado Instersticial                         Condensação/Opacidade             1
 7 Condensação/Opacidade                            Normal                            5
 8 Condensação/Opacidade                            Condensação/Opacidade            12
 9 Condensação/Opacidade                            Condensação/Opacidade + Outro     1
10 Infiltrado Instersticial + Condensação/Opacidade Condensação/Opacidade             1
11 Outro                                            Normal                            2
12 Outro                                            Condensação/Opacidade             2
13 Outro                                            Hiperinsuflação                   1
14 Outro                                            Outro                             4

Tomografia

Primeira tomografia:

                  Normal   Condensação/Opacidade Vidro Fosco Outro    Não realizado
[1,] "Total"      "17"     "9"                   "69"        "13"     "96"         
[2,] "Percentual" "8.333%" "4.412%"              "33.824%"   "6.373%" "47.059%"

Segunda tomografia:

                  Normal Condensação/Opacidade Vidro Fosco Outro   Não realizado
[1,] "Total"      "0"    "5"                   "14"        "1"     "184"        
[2,] "Percentual" "0%"   "2.451%"              "6.863%"    "0.49%" "90.196%"    

# A tibble: 6 × 3
  `TOMO 1`              `TOMO 2`                  n
  <fct>                 <fct>                 <int>
1 Normal                Vidro Fosco               1
2 Condensação/Opacidade Condensação/Opacidade     1
3 Vidro Fosco           Condensação/Opacidade     3
4 Vidro Fosco           Vidro Fosco              13
5 Outro                 Condensação/Opacidade     1
6 Outro                 Outro                     1

Dímero-D

# A tibble: 8 × 9
  name           n Mínimo `1o.quantil` Mediana `3o.quantil` Maximo Média Desvio.Padrão
  <chr>      <int>  <dbl>        <dbl>   <dbl>        <dbl>  <dbl> <dbl>         <dbl>
1 DIMERO D 1   164   89.3         295.    552.         974. 10000  1083.         1660.
2 DIMERO D 2    97   82.2         367.    612.        1167. 15105  1236.         1902.
3 DIMERO D 3    56  101.          387.    784.        1433.  7975. 1283.         1518.
4 DIMERO D 4    27  137.          420.    746         2115   7487  1520.         1851.
5 DIMERO D 5    10  229.          625    2149         5693.  7792  3129.         2916.
6 DIMERO D 6     5  435           527     637          803    835.  647.          173.
7 DIMERO D 7     4  108           567     856         1048.  1216.  759.          479.
8 DIMERO D 8     2   93           554.   1015.        1476.  1937. 1015.         1304.

PCR

# A tibble: 8 × 9
  name      n Mínimo `1o.quantil` Mediana `3o.quantil` Maximo Média Desvio.Padrão
  <chr> <int>  <dbl>        <dbl>   <dbl>        <dbl>  <dbl> <dbl>         <dbl>
1 PCR 1   197      5         5       14.2         57.4  403    52.1          81.7
2 PCR 2   162      5         5       12.4         37.8  349    48.5          82.3
3 PCR 3   111      5         5        7.4         25.0  329.   28.2          54.8
4 PCR 4    61      5         5        9.9         26    305.   39.5          70.2
5 PCR 5    34      5         5.9     12.1         41.8  278    43.3          69.0
6 PCR 6    19      5        14.3     39.8        130.   911   121.          212. 
7 PCR 7    12      5        17.8     34.1         72    224    68.0          81.2
8 PCR 8     6      5         5.95    12.4         28.2   52.8  20.0          19.1

VHS

# A tibble: 4 × 9
  name      n Mínimo `1o.quantil` Mediana `3o.quantil` Maximo Média Desvio.Padrão
  <chr> <int>  <dbl>        <dbl>   <dbl>        <dbl>  <dbl> <dbl>         <dbl>
1 VHS 1   119      1           12    26           44.5    130  32.8          27.9
2 VHS 2    67      1           10    22           40      115  29.3          25.8
3 VHS 3    28      1           22    30.5         48      106  39.2          29.2
4 VHS 4     7      5           12    28           54.5     82  35.4          32.4

Dímero-D, PCR & VHS

Aqui usamos as médias das coletas de cada paciente. 107 pacientes tiveram as três medidas coletadas.

Na diagonal temos os histogramas, mostrando como cada variável se distribuí. Os risquinhos na parte de baixo indicam aonde cada observação se localiza. Nos painéis superiores temos as correlações, estrelas indicam significância (três estrelas significam p-valor < 0.0001). Nos painéis inferiores temos os gráficos de dispersão num estilo mapa de calor para facilitar a visualização, dado que temos muitas observações. As retas em vermelho correspondem a modelos lineares para indicar a tendência, em cinza seus intervalos de 95% de confiança.

Linfócitos

                  Normal    Decreased Increased Não disponível
[1,] "Total"      "111"     "79"      "7"       "7"           
[2,] "Percentual" "54.412%" "38.725%" "3.431%"  "3.431%"      
# A tibble: 11 × 9
   name              n Mínimo `1o.quantil` Mediana `3o.quantil` Maximo Média Desvio.Padrão
   <fct>         <int>  <dbl>        <dbl>   <dbl>        <dbl>  <dbl> <dbl>         <dbl>
 1 linfocitos 1    197     75         957    2015         3425   11650 2622.         2141.
 2 linfocitos 2    159     63        1128    2170         4052.  12020 2794.         2204.
 3 linfocitos 3    108     19        1417.   2392         4146.  12020 3005.         2245.
 4 linfocitos 4     65    451        1660    2897         4825   14096 3550.         2873.
 5 linfocitos 5     35     61        1362.   2886         4514.   9799 3206.         2293.
 6 linfocitos 6     24    199        1263.   2262         3514.  10260 2883.         2433.
 7 linfocitos 7     18    113        1258.   1860.        2925.   6739 2129.         1597.
 8 linfocitos 8     10     96         923    1418.        1733.   2470 1324           736.
 9 linfocitos 9      7    238        1146    2048         2154.   3188 1725           996.
10 linfocitos 10     6    338        1067.   1962         2652.   4879 2132          1622.
11 linfocitos 11     3    436         890    1344         1841    2338 1373.          951.

Neutrófilos

                  Normal    Decreased Increased Não disponível
[1,] "Total"      "109"     "41"      "47"      "7"           
[2,] "Percentual" "53.431%" "20.098%" "23.039%" "3.431%"      
# A tibble: 11 × 9
   name               n Mínimo `1o.quantil` Mediana `3o.quantil` Maximo  Média Desvio.Padrão
   <fct>          <int>  <dbl>        <dbl>   <dbl>        <dbl>  <dbl>  <dbl>         <dbl>
 1 neutrofilos 1    197     79        2357    4548         6921   28677  5465.         4555.
 2 neutrofilos 2    159    335        2175    4151         6697   24798  5200.         4525.
 3 neutrofilos 3    108    246        2856.   4600.        7475   24468  5812.         4478.
 4 neutrofilos 4     65    382        3257    4781         7178   16770  6016.         4045.
 5 neutrofilos 5     35    672        2886.   4351         8763   25846  6325.         5362.
 6 neutrofilos 6     23    926        3328    5222         7988.  13629  5891.         3363.
 7 neutrofilos 7     16    469        3976    6514.        9924.  23949  8332.         6829.
 8 neutrofilos 8     10    235        3265    5742         9221   18880  6644.         5499.
 9 neutrofilos 9      7    230        2483    3524        14056.  24474  8758.         9008.
10 neutrofilos 10     6    514        1296    3873        22724.  36368 12346.        15820.
11 neutrofilos 11     3    355         908    1461         4930.   8400  3405.         4361.

Linfócitos vs. Neutrófilos

# A tibble: 9 × 3
  linfócitos neutrófilos     n
  <fct>      <fct>       <int>
1 Normal     Normal         62
2 Normal     Decreased      27
3 Normal     Increased      22
4 Decreased  Normal         45
5 Decreased  Decreased      10
6 Decreased  Increased      24
7 Increased  Normal          2
8 Increased  Decreased       4
9 Increased  Increased       1

iga, igg & igm

# A tibble: 6 × 9
  name      n Mínimo `1o.quantil` Mediana `3o.quantil` Maximo Média Desvio.Padrão
  <chr> <int>  <dbl>        <dbl>   <dbl>        <dbl>  <dbl> <dbl>         <dbl>
1 iga 1     6   46           76      99.5         138     221  114.          62.8
2 iga 2     1   54           54      54            54      54   54           NA  
3 igg 1     8   16.6        601.    850.         1062.   2026  881.         639. 
4 igg 2     1  907          907     907           907     907  907           NA  
5 igm 1     7    0.6         53.5    82           144.    341  117.         113. 
6 igm 2     1   95           95      95            95      95   95           NA

Referências

A análise estatística foi realizada no ambiente de computação estatística R (R Core Team, 2022). Os principais pacotes R utilizados foram o {dplyr} (Wickham et al., 2022), {tidyr} (Wickham & Girlich, 2022), {forcats} (Wickham, 2021), {lubridate} (Grolemund & Wickham, 2011), {ggplot2} (Wickham, 2016), {patckwork} (Pedersen, 2020), {geobr} (Pereira & Gonçalves, 2022), {psych} (Revelle, 2022), e {ggalluvial} (Brunson & Read, 2020).

R Core Team (2022). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL https://www.R-project.org/

Wickham, H., François, R., Henry, L., Müller, K. (2022). dplyr: A Grammar of Data Manipulation. R package version 1.0.9. https://CRAN.R-project.org/package=dplyr

Wickham, H., Girlich, M. (2022). tidyr: Tidy Messy Data. R package version 1.2.0, https://CRAN.R-project.org/package=tidyr

Wickham, H. (2021). forcats: Tools for Working with Categorical Variables (Factors). R package version 0.5.1, https://CRAN.R-project.org/package=forcats

Grolemund, G., Wickham, H. (2011). Dates and Times Made Easy with lubridate. Journal of Statistical Software, 40(3), 1-25. https://www.jstatsoft.org/v40/i03/

Wickham, H. (2016). ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. Springer-Verlag New York

Pedersen, T. L. (2020). patchwork: The Composer of Plots. R package version 1.1.1. https://CRAN.R-project.org/package=patchwork

Pereira, R. H. M., Gonçalves, C. N. (2022). geobr: Download Official Spatial Data Sets of Brazil. R package version 1.6.5999, <https://github.com/ipeaGIT/geobr

Revelle, W. (2022). psych: Procedures for Personality and Psychological Research, Northwestern University, Evanston, Illinois, USA, R package version 2.2.3. https://CRAN.R-project.org/package=psych

Brunson, J. C., Read, Q. D. (2020). ggalluvial: Alluvial Plots in ‘ggplot2’. R package version 0.12.3. http://corybrunson.github.io/ggalluvial/